Il complesso ospedaliero venne realizzato tra il 1481 ed il 1492, grazie al lascito testamentario del banchiere genovese Meliaduce Cicala, tesoriere della Camera Apostolica, in modo di assistere i marinari genovesi che approdavano al vicino porto di Ripa Grande.
Nel 1533 fu istituita la Confraternita di san Giovanni dei Genovesi (dal 1890 Opera Pia), che amministrò la chiesa e l’ospedale, il quale continuò a funzionare fino a metà del XVIII secolo.
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